地球人類の快楽への堕落を目論む淫堕神ネビリム。

その野望を阻み、人々を守る魔法少女セイントリリィ。

とある魔法少女たちがネビリムの使徒に堕とされ、人類に牙を剥くこととなった大事件「ネビリムの災禍」から、早一年が経とうとしていた。

ネビリムの災禍を終結させた現役最強の魔法少女「リリィダークネス」と、その相棒「リリィシャイニング」。

現在も人々を守るため、ネビリムの残党を撃滅し続けている二人。

だが、リリィダークネスは確かに最強の魔法少女であったが、その闇の力は彼女の心を蝕んでしまう諸刃の剣だった。

その影響を癒し、傍で彼女を支えるシャイニングがいてこそ、ダークネスは最強の魔法少女たりえたのである。

ゆえにこそ――ネビリムの残党は二人の各個撃破を目論んでいた。

邪淫の魔の手が、二人に迫る。